蒙通卡非现金支付卡与ETC蒙通卡（用于客车）在办理、使用和注意事项方面有一定的区别。蒙通卡ETC客车用户须驾驶办理车辆到网点安装并激活电子标签和蒙通卡，而货车非现金支付卡用户不需要驾驶办理车辆到网点即可办理蒙通卡业务；蒙通卡ETC客车用户设备是按一车一卡一标签方式绑定，而货车非现金支付卡用户是按一车一卡方式绑定；蒙通卡ETC客车用户可以通行有ETC专用车道的收费站，而货车非现金支付卡用户因为是计重收费模式，故不能通行ETC专用车道。
蒙通卡非现金支付卡在使用方面，当用户驾驶车辆进入收费站人工收费车道时，将卡交与收费员，由收费员进行刷卡操作，刷卡成功后，用户会听到语音提示“刷卡成功”，同时，车道信号灯变为绿色，车道栏杆抬起通行；使用蒙通卡非现金支付卡不可以为其他车辆支付通行费；使用过程中须保证蒙通卡记载的车牌号信息与登记使用的车辆车牌号信息保持一致，专车专用。
